如果你在文件夹中找不到Zotero保存的PDF文件，这可能是因为Zotero的存储设置和附件管理方式。Zotero默认将PDF附件存储在它的数据目录下的`storage`文件夹里，这个位置可能不是直接可见或与你期望的同步文件夹一致。为了更好地管理和找到PDF文件，可以采用以下步骤调整设置：
1. 修改数据目录位置：如果你希望改变PDF存放的位置，可以通过Zotero的偏好设置（Edit > Preferences > Advanced > Files and Folders）中的“Data Directory Location”来移动整个数据目录到一个更合适的地方，比如从C盘移到E盘，但这不直接解决PDF查找问题。
2. 使用Zotfile插件：Zotfile是一个强大的插件，它允许你自定义PDF附件的存储路径和命名规则。安装Zotfile后，你可以通过“Tools > Zotfile Preferences”进行设置。
源文件夹设置：在“General Settings”中，你可以指定一个“附加新文件的源文件夹”，但这个更多是关于新附件的导入路径。
重命名和移动附件：关键在于使用Zotfile来重命名和移动已有的PDF附件到你希望的文件夹结构中。在“Renaming Rules”设置里，你可以定义基于作者、年份、标题等元数据的命名规则。通过“管理附件 重命名并移动附件”，Zotero的PDF附件会被按照这些规则移动到你通过“Linked Attachment Base Directory”设置的同步文件夹下，如坚果云或百度网盘的本地同步目录。
3. 同步策略：确保你的同步服务（如坚果云）正确配置，并且理解Zotero使用的是“链接附件”（如果通过Zotfile移动）还是“存储附件”的区别。链接附件意味着PDF的实际位置在云盘，而Zotero数据库中存储的是链接。
4. 检查设置：
确认是否勾选了“使用按下列定义的子文件夹”，这样附件会根据你的Zotero集合结构被组织到相应的子文件夹中。
使用`%c`作为子文件夹命名规则之一，可以确保文件夹结构与Zotero中的收藏路径一致。
5. 文件夹同步问题：如果使用云盘同步，确保没有违反云盘的文件名长度或特殊字符限制，这可能导致文件不显示或同步失败。
如果Zotero仍然找不到PDF文件，可能需要检查Zotfile的设置是否正确应用，或者确认没有误删Zotero指向的文件。有时候，重新启动Zotero或重新应用设置可以解决识别问题。如果PDF文件被移动或删除，Zotero中的链接可能会断开，需要通过“管理附件”功能重新关联或重命名附件来修复。