1. 安装PDFtk Server：您需要下载并安装PDFtk Server，这是一个命令行工具，用于处理PDF文件。您可以在找到这个软件的下载链接。
2. 安装茉莉花插件：在Zotero中，您需要安装茉莉花（Jasmine Flower）插件，它支持从知网下载的学位论文自动添加书签和目录。插件可以通过Zotero的插件市场找到或通过第三方分享的链接安装。
3. 配置PDFtk Server路径：在Zotero中，进入“编辑” > “首选项”，找到茉莉花插件设置，并设置PDFtk Server的安装路径。正确配置后，插件会显示一个对勾标志确认连接成功。
4. 使用插件生成目录：重启Zotero后，选择您从知网下载的PDF文献，右键点击，使用“知网助手”功能，然后选择“添加PDF书签”。这将为您的PDF文件生成目录。
至于使用Zotero来辅助写论文，您可以遵循以下步骤：
1. 建立文件库：在Zotero中创建一个新的文件库，用于存放与您的研究相关的文献。
2. 收集文献：利用Zotero的浏览器扩展来直接从网页抓取文献信息和PDF文件，或者手动添加文献。
3. 组织文献：通过创建子文件夹和标签来组织文献，便于查找和管理。
4. 做笔记和标注：阅读文献时，可以直接在Zotero中对文献进行高亮、添加注释和笔记。这些笔记会自动关联到相应的文献条目。
5. 引用和生成参考文献：Zotero支持多种引用格式，您可以选择适合您论文的样式。在文档编辑软件（如Word或LibreOffice）中使用Zotero插件，可以轻松插入引用和自动生成参考文献列表。
6. 利用插件增强功能：比如安装easyscholar插件来显示文章的影响因子和期刊分区，这有助于评估文献的重要性。
通过这些步骤，Zotero不仅能帮助您管理文献，还能提升论文写作的效率和质量。记得定期备份您的Zotero库，以防数据丢失。